Аниме «Маленькая сэмпай с моей работы» перенесет зрителей в офис крупной компании. Девушка по имени Шиори Катасэ зарекомендовала себя как ответственный и исполнительный сотрудник. Благодаря ее опыту, начальство поручает Шиори ввести в должность нового сотрудника – молодого парня Такуму Синодзаки.
Миниатюрная Шиори быстро располагает к себе клерка, который влюбляется в наставницу. Девушка, со своей стороны, постоянно поддерживает стажера. Зачастую ее действия вызывают у обоих неловкость. Дело осложняется тем, что остальные сотрудники офиса становятся невольными свидетелями их взаимоотношений.